新型コロナ感染症は、PCRの誤用によるまぼろしの感染症

(FACE BOOKに投稿したものを転記しておきます。)

新型コロナウイルス感染症は、PCRの誤用による、まぼろしの感染症 である


                               2020年8月27日 佐藤 荘太郎


617日の、池田としえさんがコオーディネートされた大橋眞先生の記者会見講演はとても参考になりました。その講演要旨を纏めました。(PDFをダウンロードして読んでください。)

http://satouclk.jp/%E5%A4%A7%E6%A9%8B%E7%9C%9E%E5%85%88%E7%94%9F%E8%A8%98%E8%80%85%E4%BC%9A%E8%A6%8B.pdf


さらに、国立感染症研究所の新型コロナ感染症のPCRテストのマニュアルを読んでみました(なぜ日本語でないのか)。

https://www.niid.go.jp/niid/images/epi/corona/2019-nCoVmanual20200217-en.pdf


以前PCRに関心を持ったことがあり、「改定 PCR実験ノート」(羊土社)を持っておりました。やっと役立つ機会がきました。


キャリー・マリスのPCRの発見は、高温(〜95℃)でも作動するDNAポリメラーゼの発見とともに「いとも簡単にDNAを増幅できる」、という驚きであった。 一本のDNAの存在を確認することは困難である。そのDNA(の一部)を何万本にも増幅し、DNAの塊をアガロースゲルで電気泳動して「見える化」する。またDNAの大きさも推定できる。


新型コロナウイルスの診断においては、武漢型コロナウイルスと定義されているウイルスDNA(もとはRNA 3万塩基)から塩基数で20前後の長さのプライマーをつくる。サンプルのDNAにこのプライマーが結合し、DNAの増幅が確認されたとき、新型コロナウイルス陽性と判定される。つまり、プライマーで新型コロナウイルスかどうかを診断する。


この診断においては40サイクルx2段のPCRが行われる。240乗x 240乗、一億倍と、途方もない増幅が行われる。サンプルに新型コロナウイルス一個、たまたま付着していても、また不活化した新型コロナウイルが付着していても陽性となる可能性が高い。


PCRにおいて、プライマーの最適な長さは1825塩基とされる。短かすぎても長すぎてもうまく行かないのだそうである。新型コロナウイルスの診断の場合も、新型コロナウイル(武漢型)と登録されDNAから、4種(8個)のプライマーを用意する。プライマーの長さを約2倍にし、ミスヒットの確率を小さくしている(nested PCR)。

2段増幅になるため1億倍の増幅となる。一方、Taqポリメラーゼには440塩基に1回、読み間違いが起こることが知られている。それを改善するものもある(3'→5'エキソヌクレアーゼ)


PCRにおいては、プライマーの長さが短いので、長いウイルスの塩基配列の中に、目的の箇所以外にプライマーが結合する塩基配列がないか、細心の検討が必要なはずである。新型コロナウイルスの診断のプライマーは武漢型新型コロナウイルスに特有で、他のウイルスや細菌のDNAと結合することがない、とはいっても、それは「コンピュータの登録されたデータベースのウイルス、(細菌)のDNAを検索した範囲では」ということである。

ヒトに問題を起こさない常在ウイルスや細菌は多数存在するはずで、それらは研究調査の対象にならない。


新型コロナウイルスの検査においては、鼻腔や口腔からサンプルを集める。ここには真菌、細菌、クラミジア、ウイルスと、雑多な微生物が生息し、PCR用のサンプルにはこれらの微生物のDNAが混入する。それらのDNAに新コロナウイルス用のプライマーと結合する塩基配列があっても全く不思議ではない。 この問題は、大橋眞先生の講演の中でも指摘されている(インフルエンザ用のPCRキットはクラミジアなどに反応する)


YouTubeの動画で見たのだが、愛知県の感染症対策室に問い合わせに行って、PCRが、インフルエンザAB、クラミジアに反応しうることを確認している。

https://www.youtube.com/watch?v=rxT50mWINu0

(タカラバイオのPCRキットの注意事項:ヒト、動物への医療、臨床、険断用には使用しないように(聞き取り))


数学的なセンスのある方なら、上に指摘したような問題は簡単に理解できよう。感染経路のわからない新コロナウイルス感染が増えているというのは、新コロナ用PCRキットから生じる問題と理解されよう。


あわせてお読みください。

この記事について

このページは、さとう内科循環器科医院 - 宮城県大崎市が2020年8月27日 12:25に書いた記事です。

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